Dvere Twindoor aj prvé kombi
Postupom času Škoda svoju vlajkovú loď modernizovala. Model z roku 2005 priniesol výrazné rozšírenie variability interiéru. Operadlá zadných sedadiel boli po novom delené v pomere 1/3 : 2/3, takže batožinový priestor bolo možné zväčšiť zo 480 až na 945 litrov. Produkcia prvej novodobej generácie modelu Superb v Kvasinách skončila po siedmich rokoch, a to 17. marca 2008. Výrobné linky opustilo celkovo 136 068 exemplárov, pričom okrem závodu v Kvasinách schádzali tieto autá aj z liniek v Číne, na Ukrajine a v Kazachstane. Superb tak dostal druhú šancu. Možno aj preto, že Škodu vyniesol v hierarchii opäť do sveta luxusných áut a zmenil jej imidž východoeurópskej automobilky.
Druhá generácia debutovala v marci 2008 na výstavisku Palexpo pri Ženevskom jazere. Išlo o veľkú zmenu. Dizajn pôsobil o čosi konzervatívnejšie, ale honosnejšie. A aj keď sa rázvor náprav skrátil o 42 mm, dĺžka narástla o 35 mm. Vychytávkou sa stal systém otvárania piatych dverí Twindoor, ktorý spájal prednosti sedanu a liftbacku. Toto riešenie neskôr skopírovalo BMW vo svojom BMW 5 GT. To ale nebol koniec. S približne ročným odstupom nasledovala totiž verzia Combi, z ktorej sa stal absolútny hit. Do svojho kufra dokázala totiž naložiť 633 litrov batožiny. Opäť viac ako konkurenčný Passat Variant.
Rozšírila sa aj bezpečnostná a komfortná výbava. Bi-xenónové svetlá dostali adaptívnu funkciu AFS, 6,5-palcový dotykový infotainment mohol mať integrovaný televízny prijímač a predné sedadlá s elektrickým ovládaním s pamäťovou funkciou už mohli byť nielen vyhrievané, ale aj ventilované. Najsilnejšiu verziu poháňal motor 3,6 VR6 s výkonom 260 koní, ktoré prenášal na všetky štyri kolesá. Na stovku tak 6-valcový Superb šprintoval za 6,5 sekundy a po diaľnici svišťal rýchlosťou 250 km/h. Niet divu, že si vyslúžil prestížne ocenenie „Luxusné auto roka“, ktorým ho v roku 2009 ocenil britský magazín Top Gear.