Novú Škodu Fabia budú poháňať výlučne motory nových generácií schopné spĺňať emisnú normu Euro 6. Základom budú atmosférické trojvalce 1.0 MPI s výkonmi 44 kW/60 k a 55 kW/75 k, nad nimi budú v ponuke figurovať prepĺňané štvorvalce 1.2 TSI (66 kW/90 k a 81 kW/110 k) a pre záujemcov o nafové motory tu bude celohliníkový trojvalec 1.4 TDI naladený na viac výkonových verzií (od 55 kW/75 k do 77 kW/105 k).
Najúspornejšou verziou modelového radu Fabia bude Fabia Greenline 1.4 TDI (55 kW/75 k) s kombinovanou spotrebou 3,1 l/100 km (dostane aerodynamicky upravenú karosériu, štart-stop systém, pneumatiky so zníženým valivým odporom a systém rekuperácie elektrickej energie). O kombinovaných spotrebách ostatných agregátov zatiaľ nepadlo ani slovo.